Bao quanh gần như toàn bộ Bahrain là một khu vực tương đối nông của vịnh Ba Tư được biết đến là vịnh Bahrain. Đáy biển liền kề với Bahrain chủ yếu là đá và ở phía bắc của đảo, được bao phủ bởi các rạn san hô lớn. Hầu hết hòn đảo này là sa mạc trũng thấp và khô cằn. Các đồi núi đá vôi tạo thành những ngọn đồi thấp, vách đá vằn và khe núi nông. Đá vôi được bao phủ bởi các mật độ cát mặn khác nhau, chỉ có những thảm thực vật sa mạc sống được chủ yếu là cây gai và chà. Có một dải đất màu mỡ dài 5 km dọc bờ biển phía bắc nơi chà là, hạnh nhân, sung và lựu phát triển. Nội địa có một vách đá cao đến 134 m, điểm cao nhất trên đảo, tạo thành núi Khói. Hầu hết các giếng dầu của nước này nằm trong khu vực của núi Khói.

Ngoài đảo Bahrain, các đảo khác bao gồm: Nabih Saleh, phía tây bắc Sitrah; đảo Jidda và Umm al Sabaan, phía bắc Umm al Nasan và quần đảo Hawar, lớn nhất là đảo Hawar, gần bờ biển Qatar. Nabih Saleh có một số suối nước ngọt được sử dụng để tưới các khu vườn cọ dừa ngay trên đảo. Đảo Jiddah trước đây là các nhà tù nhưng giờ đã được chuyển thành một khu nghỉ mát. Hawar và 15 hòn đảo nhỏ gần nó là biểu tượng lãnh thổ tranh chấp giữa Bahrain và Qatar.